Mit dem Löschtool entfernen.
Wenn die Ebene, auf der du arbeitest "Hintergrund" ist, mußt du erst die Bilddaten auf eine neue Ebene kopieren und den "Hintergrund" löschen (STRG+C, STRG+L, Ebenen -> Ebene 1 - "Hintergrund" (unten), Ebenen -> Löschen).

Wenn du allerdings Transparenz in GIF- oder 8-Bit-PNG-Bildern haben willst, so mußt du eine Farbe benutzen, die sonst im Bild nicht vorkommt, die Farben auf 256 reduzieren und dann über Farben -> Palettentransparenz festlegen (oder so ähnlich, hab' die englische Version) einstellen.