Also Alternativen gibt es, ja...sind die besser? Nö, Imo nicht.
PHP Nuke liefert zum einen ne Menge Zeugs mit, zugegeben vieles braucht man vielleicht garnicht, anderes ist einem herzlich willkommen. Außerdem •••••, wie z.B. euer Gästebuch oder eure Shoutbox sollte man ohne Probleme finden können, bei den anderen ist das eher schwerer und das ist auch der große Vorteil von Nuke, es gibt massig •••••.

Die Alternativen sind nicht schlecht, man kann sie eigentlich nur gebrauchen wenn man die ganzen Funktionen von Nuke nicht braucht, ansonsten ist Nuke einfach besser.
Alternativen sind APPortal, PHPKit und noch einige andere, bieten aber wie gesagt weniger als Nuke.

Zu den Bugs: Hatte lange Zeit selber Nuke laufen, jetzt wieder. Bugs ist mir nur einer aufgefallen, war aber nicht schwerwiegend und lies sich ohne Probleme beheben.
Zu den Sicherheitslücken kann ich nicht viel sagen, afaik ist aber bei der neusten Version so ein Sicherheitscode dabei, vielleicht behebt der die Fehler ja.