Von der CD booten, Neuinstalltion wählen und dann fragt die Windows Installtion wo und wie installiert wird und da kannst du die Festplatte dann in aller Ruhe löschen und gleich neuformatieren mit einen frischen Dateiensystem. So bald das passiert ist wird Windows im nächsten Schritt sich neu auf die Festplatte installieren, ob du das dann zu lässt ist dann dir überlassen.