Also gut, ich mach auch mal eine:

...bauen es Isaac, Felix und die anderen erstmal auf. Just nachdem dies geschehen war, steigt Alex, der mit dem Heiligtum versank, aus der Erde, erfüllt mit einer noch stärkeren Macht als mit der von der goldenen Sonne um die Welt zu beherrschen. Und Isaac, Felix & Co müssen ihn nun aufhalten.
Das war jetzt ein bisschen grob geschildert, aber so würde ich mir den Anfang von GS3 vorstellen.

Edit: Joa, Name: Golden Sun 3 - Return of the Alex...nein Scherz,
Golden Sun 3 - Die neue Macht.