Hm, also: Hast du die .exe bearbeitet?
Wenn nicht, dann hat sich mal (keine Ahnung, wäre aber realistisch) dein Computer durch eine kleine Überlastung beim Erstellen des Spiels die RPG_RT dreimal erstellt? Könnte ja durchaus sein. Ich hab auch schonmal von einer größeren Datei die ich einmal kopieren wollte drei Abzüge erhalten. Die hatten sogar den gleichen Namen, was mir allerdings ein bisschen unbegreiflich ist Ô_o (natürlich waren alle im gleichen Ordner)

PS: In der RTP_RT steht noch mehr als nur MZP
Öffne die mal mit nem Ressource-Hacker. Den gibt's auf rpg2000.de, bei RPG-Maker Tools. Aber du solltest es bei Anschauen belassen. Bzw. im E-Book ist der Hacker auch.