Ich finde die Frage ehrlich gesagt ziemlich schwierig zu beantworten. Es gibt eine Menge JRPGs, die total coole Ideen haben, aber in der Umsetzung ziemlich schwächeln. Und allgemein gibt es imo nur sehr wenige Spiele, die in der Hinsicht komplett rund sind.

Insgesamt leiden die Storys meist sehr darunter, wenn man zu viel hinterfragt. Die Final-Fantasy-Serie hat z.B. richtig viele tolle Konzepte, aber dafür muss man auch ein gewisses Maß an an den Haaren herbeigezogenen Erklärungen akzeptieren. Einige der Spiele schneiden aber imo in der Hinsicht trotzdem gut ab.

Spontan fallen mir folgende Titel ein:
– Final Fantasy IX: Einfach eine wunderschöne Charakterstudie. Der letzte Boss kommt aus dem Nichts und ein Teil der Lore benötigt etwas suspension of disbelief, aber abgesehen davon ist es imo ziemlich rund. Die lebensbejahende Natur der Geschichte macht das Spiel zudem imo auch pädagogisch wertvoller™ als jene, deren Pathos im Nichts verhallen.
– Final Fantasy VII: Der esoterische Überbau ist natürlich nicht hieb- und stichfest (insbesondere was Sephiroth/Jenova betrifft), aber hat imo trotzdem eine enorme Sogwirkung. Die Mischung aus Ökoterrorismus und Spiritualismus ergeben ein echt schönes Gesamtbild, das imo nur mäßig dadurch getrübt wird, dass es nicht komplett zu Ende gedacht wird. Auf charakterlicher Ebene ist das Spiel nicht ganz so gut gealtert, hat aber trotzdem viele tolle Momente und Ideen (besonders im Bezug auf Cloud/Aerith/Barret).
– Final Fantasy X: Auch hier muss man vor allem gegen Ende ein wenig esoterischen Fantasy-Bullshit akzeptieren, aber der Kern der Story als Pilgerreise mit Ich-Erzähler funktioniert imo ganz unabhängig davon. Vor allem Tidus, Yuna und Wakka sind imo gut und facettenreich geschriebene Charaktere. Die Tragik der Welt, die ständig von Zerstörung heimgesucht wird, ist imo gut eingefangen worden. Thematisch nicht so vielseitig wie VI-IX, aber auch weit weg von der typischen Rette-die-Welt-Geschichte.

Dann gäbe es da noch eine Handvoll Spiele, deren Handlung auf politischer Ebene interessant umgesetzt worden ist. Ich bevorzuge eindeutig Spiele, die keine klare Gut-Böse-Dualität haben und da eignen sich politische Handlungen allgemein besser für. Suikoden II und III habe ich nicht genug gespielt, um da urteilen zu können. Suikoden V stellt den Konflikt zwischen verschiedenen Parteien aber iirc ganz gut dar. Nennenswert ist hier natürlich auch noch Final Fantasy Tactics. Das habe ich nicht mehr ganz so gut in Erinnerung, aber als Kampf der Ideale mit einem Überbau von politischen Intrigen und Machtkämpfen macht das Spiel vieles ziemlich gut.

Auch die ersten beiden Shadow-Hearts-Spiele haben einige unheimlich interessante Elemente, finde ich. Dass die Handlung vor dem Hintergrund der Weltkriege spielt, gibt dem Ganzen einen sehr düsteren Unterton, der sich aber niemals so wirklich entlädt. Es ist eher etwas Beunruhigendes, das sich wie ein Faden durch die Geschichte zieht, aber niemals so richtig entlädt. Darüber hinaus gibt es einige interessante Charakteremomente, wie etwas dass eine relativ unbedeutende Nebenfigur des ersten Teils zum Antagonisten des zweiten Teils wird und man auch hier kein einfaches Gut gegen Böse hat.

Es gibt sicher noch ein paar Spiele, die ich nennen könnte. Viele funktionieren auch einfach auf emotionaler Ebene gut, aber das ist oft vielmehr ein Zusammenspiel aus Atmosphäre, Musik und Drama – die Geschichten als Ganzes sind dort meist weniger hervorzuheben und vor allem oft nicht wirklich kohärent. Gutes Worldbuilding haben natürlich so einige Spiele, aber das spiegelt sich nicht immer in der Haupthandlung wieder.