Ich glaube, dass mir da nach und nach verschiedene Ergänzungen einfallen würden, aber als ersten Aufschlag nenne ich mal ein paar Titel, die mir aus unterschiedlichen Gründen im Gedächtnis geblieben sind.

- Terranigma: Hat keine soo elaborierte Story aber ich finde, vor allem gemessen an der damaligen Zeit, die Grundidee und Atmosphäre, die in dem Spiel transportiert wird, extrem stark. Zudem gibt es auch einige wirklich einprägsame Momente, wie z.B. die Szene mit dem Hammel in der Schlucht.
- Final Fantasy VI: Hier gefällt mir das Zusammenspiel einer wirklich großen Party, wo jedes Mitglied auch wirklich relevant für den übergeordneten Plot und den Konflikt mit dem Imperium / Kefka ist. Zudem wurden damals bereits Themen wie Suizid (Shadow) oder ungewollte Schwangerschaft bzw. Beziehungen unter verschiedenen Ethnien adressiert sowie glaubhafter Verlust von Familienmitgliedern (Cyan).
- Final Fantasy VII: Ist ja fast schon zu mainstreamig, als dass man das Spiel nennen kann, aber damals war das Klischee des Amnesie-behafteten Helden noch nicht ganz so abgenutzt und ich finde das gesamte Szenario, die Lovecraft-Anleihen der Story um Jenova, den Antagonisten Sephiroth, den Tod von Aerith, das offene Ende immer noch sehr stark.
- Xenogears: Muss man glaube ich auch nicht viel zu sagen, ist in Bezug auf die Story einfach seiner Zeit voraus (und auch dem Budget von damals^^). Ich würde zu gerne einen Reboot von Xenogears mit heutigen Budgets und technischen Möglichkeiten sehen.
- Xenosaga und Xenoblade Chronicles 1: Bei Xenosaga greift eigentlich das Gleiche wie bei Xenogears. Ich mag diese Vermischung von SciFi und Fantasy sehr gerne, die religiösen Bezüge auch zu unserer realen Welt im Plot und das Konzept von Zyklen, die sich immer wieder wiederholen. Xenoblade Chronicles 1 bietet mitunter eine nette Verzahnung von Gameplay und Story (die Vorhersehungen mit dem Monado) sowie ein interessantes Setting und auch einige starke Twists (Dunban, Klaus etc.).

Mir würden weitere Spiele einfallen wie Final Fantasy Tactics oder Suikoden 2, die eher politisch angehaucht sind, aber um die ersten paar Nennungen mal zusammenzufassen: Ich glaube, dass mich an Spielen oder JRPGs in Bezug auf Story insbesondere ein dichtes World-Building sowie interessante Antagonisten besonders abholen. Zudem mag ich, wenn es ein übergeordnetes Mysterium gibt, wie z.B. Clouds Amnesie in FFVII, und man als Spieler / Leser / Zuschauer angehalten ist, mitzuraten und versucht die Plottwists vorab kommen zu sehen.

Das mal so auf die Schnelle, bin gespannt, was andere kommentieren und steige später gerne noch tiefer in die Diskussion mit ein