Die Frage ist ja, was versteht man unter guter Story?
Das definiert vermutlich jeder für sich selbst. Ich erwarte bei einem RPG keinen Bestsellerroman mit unheimlicher Tiefe. Dafür sind Spiele auch eher weniger geeignet.
Es gibt aber einige Spiele, die einfach eine schöne, fesselnde oder einfach überraschende Story haben.

Final Fantasy 9 ist ein gutes Beispiel für eine einfach schön erzählte Geschichte. Auch wenn hier durchaus ein ernsteres Thema angesprochen wird mit der Existenzfrage, so ist es doch eher die Art und Weise wie das alles präsentiert wird.

Final Fantasy 7 hingegen hat keine schöne Story, dafür aber eine leider immer noch sehr aktuelle. Das gefällt mir ebenfalls sehr gut.

Die beiden Xenoblade-Teile sind für mich ein Beispiel für eine sehr emotionale und überraschende Story, die einfach brilliant musikalisch untermalt wird.

Ansonsten haben mich "gut" überzeugt halt Tales of Symphonia oder auch Chrono Trigger. Gibt bestimmt noch ein paar andere, die mir einfallen würden. Baten Kaitos z.B. habe ich sehr positiv in Erinnerung, aber das ist so lange her, dass ich nicht mehr weiß worum es überhaupt ging.