Da ich mich selbst als sehr anspruchsvoll bezeichnen würde was das Thema Abwechslung in einem Dungeon betrifft, habe ich da immer ein großes Auge für. Allerdings ist es in der Tat nicht sehr einfach pauschal Ratschläge zu geben, "baue Rätsel XY" ein ist ja an sich nicht wirklich hilfreich, es muss ja irgendwo zum Ort passen. Generell finde ich es immer am besten wenn ein Spiel grundsätzliche Kernmechaniken besitzt, welche in die Erkundung mit einfließen. Spiele wie Golden Sun z.B beweisen das mit ihrem stetig wachsenden Repertoire an Psi-Fähigkeiten, die sowohl für Kämpfe als auch die Erkundung genutzt werden. Generell werden Dungeons für mich aber auch schnell eintönig wenn sie die Gefahr vermissen lassen und sämtliche Encounter dort eher zeitstreckend wirken als wirklich herausfordernd zu sein. Also gerade ein Dungeon Crawler sollte Wert auf Ressourcen-Management meiner Meinung nach legen.
Prinzipiell würde ich empfehlen dir ein paar Kernmechaniken als Leitmotif auszudenken und diese dann konsequent in Dungeons in möglichst abwechslungreicher Form darzubieten. Etrian Odyssey macht das z.B mti dem "FOE" System große, meist viel zu starke Monster, denen man ausweichen muss. DIe Monster haben alle unterschiedliche Bewegungsmuster und stellen dadurch nicht nur ein Hindernis da, sondern auch teilweise ein Puzzle welche es zu durchschauen gilt.
Genau so solltest du wie Real Trolls chon gesagt hat das Setting eines Dungeon direkt mit ins Gameplay fließen lassen, dann kommen die Ideen schon von ganz alleine. Versuche dabei stets auch die Strukturen aufzubrechen, so dass der Aufbau eines Dungeons nicht durchschaubar wird, Navigation könnte dabei eine weitere Herausforderung sein die durch interessante Entdeckungen aufgelockert wird.
Letzten Endes hängt es auch davon ab ob deine Dungeons sichtbare oder Zufallskämpfe enthalten, das ist generell eine sehr wichtige Unterscheidung die man da treffen muss, ich denke nämlich dass man Dungeons je nach System nicht genau gleich erstellen kann.