Das hat denke ich technische Gründe. Es wurden auch schon Dateien gelöscht, weil man sich beim Hochladen schlicht verklickt hat, oder ein Entwickler nur wollte, dass alte Versionen eines Spiels gelöscht werden, per se aber nichts dagegen hätte, wenn die Vollversion im Archiv stünde. Auch gibt es meines Wissens nach ein paar Seiten zu unveröffentlichten Spielen, welche schlicht keinen Download haben. Zusätzlich sind auch gelöschte Spiele natürlich trotzdem interessant für Meta-Statistiken, z.b. wenn man ermitteln will, was die aktivsten Jahre der Szene waren, etc.
Man könnte die entsprechenden Seiten aber vielleicht unsichtbar schalten.