Also ich bin mir auch nicht sicher ob es stimmt...aber meine interpretation:

Shinji liebt Asuka. Und irgendwann in der Story hat er mal gesagt das er sich nichts seeliger wünscht als mit ihr auf der Welt alleine zu sein.
Und dieser Wunsch wird ihm dann schlich von Rei-Humanis-Engel-Wesen erfüllt. Nur kapier ich da nicht warum er sie erwürgt?
naja ich hab den film vor 2 jahren gesehen und nicht alles kapiert...