Also ich kann die Frage schon vom Gefühl her gut nachvollziehen, ohne jetzt eure Argumente widerlegen zu wollen. Wahrscheinlich gibt es ein sehr diffuses Sammelsurium an Tropen, die gerade im "Mainstream" sehr präsent sind. Erinnert mich ein bisschen an die Frage "Was macht einen Anime (inhaltlich) aus?", die auf den ersten Blick sicherlich nutzlos ist, die auf den zweiten aber überraschend viele Antworten provoziert, zumindest aus persönlichen Perspektiven heraus.

Zur Frage: Man kann da sicher eine Menge nennen, weshalb ich mir einfach mal ein paar herauspicke.

Shin Megami Tensei: Digital Devil Saga (vor allem Teil 1) hat sich für mich sehr nach Krieg angefühlt. Habe ich lustigerweise selbst in JRPGs, in denen es ausdrücklich um Krieg geht, nur selten gehabt.
Earthbound war ja nicht ganz meins, aber Hölle, hat es herausgestochen.
Und mal wieder die Personas, weil sie von Musik über das Menü-Design bis hin zu den Versatzstücken anderer Genres einfach eine sehr frische Mischung darstellen. (Irgendwie kann ich das in jeder Frage nennen. )
Super Mario RPG und Konsorten.