Egal, mit welcher Engine ein Spiel entwickelt wird - du solltest dir immer Gedanken über den Aufbau, die Geschichte, das Wordbuilding und die Charaktere machen, bevor du wirklich damit beginnst, das Spiel anzufangen.

Hier kommt es auf den Geschmack und die Erfahrung an; es ist nicht zwingend notwending, alles bis ins kleinste Detail durchgeplant zu haben. Allerdings schadet das auch nicht . Zumindest der Storyablauf und die Charakterentwicklung sollten zum Großteil schon feststehen. Und vom Wordlbuilding her kann man sowieso nie genug haben, damit die Welt glaubhaft wirkt - hier nimmt der Mehrwert aber relativ schnell ab (weil du eben nicht alles genau im Spiel abbilden kannst).

Wenn du dir vorher nicht so viele Gedanken darüber gemacht hast und einfach "drauf los baust", kommt es später sehr wahrscheinlich zu Inkonsistenzen im Spiel. Daher solltest du dir auf jeden Fall vorher schon Gedanken über das große Ganze machen.

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Zur eigentlichen Frage:
Es ist durchaus sinnvoll, sich einige Techniken von und für Schriftsteller anzusehen und auszuprobieren (Google und Youtube helfen da; Englischkenntnisse von Vorteil). Diese erzählen ja quasi auch immer "nur" eine Geschichte.

Ich bin übrigens nicht der Meinung, dass der Maker da besonders einschränkend ist. Du kannst prinzipiell alles darstellen; manches ist aber mit ziemlich viel Aufwand (z.B. durch Pixeleien) verbunden. Durch eine Verwänderung des "Blickwinkels" kann man hier aber immer gut tricksen, um sich da Arbeit zu sparen.
Oder durch Artworks: Diese einblenden und dann erzählen, was gerade passiert. Z.B. Sternenkind-Saga macht davon viel Gebrauch - und dort passt es auch sehr gut in das Gesamtbild des Spiels.

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Ich bin gerade dabei, einen etwas längeren Post für Grundlagen des Game Designs zu schreiben. Ich würde den prinzipiell gerne noch etwas überarbeiten; kann den aber auch gerne etwas früher posten, wenn du schnell ein paar Ideen für Stellschrauben an deinem Spiel brauchst.