Hallo,
mit dem RPG Maker ist alles möglich - für einige Dinge natürlich aber weniger geeignet, als andere Tools. Gerade als Anfänger sind manche Dinge eben schwierig - aber dennoch ist eigentlich alles möglich.
Ich wüsste jetzt nicht, inwiefern die Story durch die Technik limitiert sein sollte.

Generell empfiehlt es sich (zumindest) ein grobes Konzept der Story zu haben, bevor man anfängt alles zu erstellen. Diesbezüglich findest du hier im Forum auch einige hilfreiche Threads.