Sieh dir mal das Script "Spriteset_Map" an, das Einfärben findet in update_viewports statt.
Code: 
  #--------------------------------------------------------------------------
  # * Update Viewport
  #--------------------------------------------------------------------------
  def update_viewports
    @viewport1.tone.set($game_map.screen.tone)
    @viewport1.ox = $game_map.screen.shake
    @viewport2.color.set($game_map.screen.flash_color)
    @viewport3.color.set(0, 0, 0, 255 - $game_map.screen.brightness)
    @viewport1.update
    @viewport2.update
    @viewport3.update
  end
Die erste Zeile der Methode ist hier das Problem. Tint Screen beinflusst nur Sachen die mit "viewport1" als Viewport erstellt wurden (@viewport1.tone.set($game_map.screen.tone)). Pictures und Wetter haben aber beide "viewport2" (Deshalb beinflusst das Wetter die Pictures, was ich aber eher als Bug bezeichnen würde...)

In der Theorie sollte es genügen, Pictures "viewport1" zuzuweisen, führt aber vermutlich zu Prioritätsproblemen. Aber wir können auch einfach einen eigenen Viewport erstellen und den mit den Werten von Tint Screen einfärben.

Versuch mal folgendes in einen neuen Scriptslot einfügt:
Code: 
class Spriteset_Map
  alias :original_create_viewports :create_viewports
  def create_viewports
    original_create_viewports
    @picture_viewport = Viewport.new
    @picture_viewport.z = 49
  end
  
  def update_pictures
    $game_map.screen.pictures.each do |pic|
      @picture_sprites[pic.number] ||= Sprite_Picture.new(@picture_viewport, pic)
      @picture_sprites[pic.number].update
    end
  end
  
  alias :original_update_viewports :update_viewports
  def update_viewports
    original_update_viewports
    @picture_viewport.tone.set($game_map.screen.tone)
    @picture_viewport.ox = $game_map.screen.shake
  end
  
  alias :original_dispose_viewports :dispose_viewports
  def dispose_viewports
    original_dispose_viewports
    @picture_viewport.dispose
  end
end
Pictures werden nun auch von Shake Screen beinflusst. Wenn du das nicht willst, die Zeile @picture_viewport.ox = $game_map.screen.shake auskommentieren/löschen.
Ungetestet, da ich hier keinen Maker installiert sondern nur die Scripte rumliegen habe.