Da es beides separate Einheiten in deiner Steam Bibliothek sind, kannste beides nebeneinander installieren und spielen.
Welche Version du nimmst hängt hauptsäcklich davon ab, ob du Mods benutzen willst die SKSE benötigen oder nicht. Die SE hat den bislang nicht, allerdings gibt es auch mittlerweile einiges an ehemals SKSE abhängigen Mods als Ports für SE.

Wenn das nicht so die Priorität darstellt würde ich eher zur SE greifen, weil die aufgrund der 64-bit Engine und daraus resultierender besseren Ressourcenzugfriffs wesentlich stabiler läuft. Die SE ist optisch auch etwas leichter aufzuwerten, da Schnickschnacks wie dynamische Sichttiefe (depth of field) und Godrays schon im Spiel enthalten sind. Hol dir noch ein paar bessere Meshes und Texturen, vllt nochn netteres Wettermodul und ne Wasser-Mod und du bist schon gut versorgt. =)

Allzu ausführliche Tipps kann ich da aber nicht geben, da ich auf der XB1 spiele und die Mods da natürlich anders sind als auf dem PC.