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Man stelle sich vor, eine mächtige und blühende Hochkultur, einer der Story-Orte ist ein riesiger Tempel. In dieser Welt findet Handlung A statt. Handlung B dagegen ist post-apokalyptisch (was ich generell sowieso immer ganz spannend finde) und spielt 500 Jahre oder so später, in einer Zeit, in der sich die Welt gerade wieder erholt, aber all die Narben noch sichtbar sind und Gefahren überall lauern. Oben erwähnter Tempel ist natürlich zu einer Ruine geworden, mit Ranken und Dornen überwuchert.
Da fällt mir Prince of Persia - Warrior Within ein. Ruinen in der Gegenwart und Blühende Stadt/Palast/Tempel in der Vergangenheit, zwischen denen man ständig hin- und herwechseln muss. Auch wenn es deine Vorstellung nicht ganz träfe, weil das bloß darauf zurückzuführen ist, dass man üblicherweise nur in einer der Zeiten vorankommt.

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Wenn wir doch lieber einen unmittelbaren Zusammenhang zwischen beiden Teilen hätten, so könnte es ein oder zwei Charaktere geben, die in eine Art Kälteschlaf versetzt werden und erst in der Zeit nach der Katastrophe wieder auftauen. Allerdings müssten dann einige Dinge angepasst werden, denn dieser wüsste ja mehr oder weniger noch, was passiert ist. Wobei, vielleicht ist seine oder ihre Birne zu Matsch geworden und er oder sie erinnert sich nur noch an Bruchstücke, oder ein Wissenschaftler der Hochkultur hat mit der Kryostase bloß seine Frau oder sein Kind gerettet, welche zwar in der Handlung der Vergangenheit vorkommen, aber noch keine zentrale Rolle spielten und dann quasi ausschieden, somit auch nicht in der Lage sind, zu viel über die Geschehnisse zu verraten.