Die Auflösung: Die ursprüngliche Methode zum Hochladen von Non-Steam-Game-Screenshots in die Steam-Cloud reicht deshalb nicht mehr aus, weil in der Datei screenshots.vdf (im Verzeichnis Steam\userdata\[ID]\[Nr.]\) eine Verknüpfung zu einem VR-Screenshot erstellt wird. Diese VR-Version existiert nur, wenn der Screenshot durch das Steam-Overlay erstellt wurde. Wenn man mit einem externen Screenshot-Tool gemachte Screenshots manuell in Steam einfügt, fehlt die Datei und der Upload in die Cloud scheitert. Die Lösung sieht so aus, dass man die Datei screenshots.vdf mit einem Texteditor öffnet und dort nach dem Dateinamen des jeweiligen Screenshots sucht. Dort entfernt man die Verknüpfung zu einer nichtexistenten _vr.jpg. Beispiel:

"vrfilename" "GameID/screenshots/Screenshotname_vr.jpg"
Wird zu:
"vrfilename" ""

Ausführliche Anleitung auf Englisch: https://gaming.stackexchange.com/a/282581

Nach einem Steam-Restart lässt sich der Non-Steam-Screenshot in die Steamcloud laden. Manuell ist das natürlich etwas umständlich, man kann das evtl. mit Notepad++ automatisieren, aber es gibt auch ein Tool, das den Prozess etwas vereinfacht: https://steascree.download

Damit lassen sich Screenshots von RPG-Maker-Spielen und anderen nicht auf Steam verfügbaren Spielen in die Cloud laden.