Eher letzteres, also: Die Gespräche werden schon ordentlich angepasst, also so, dass alle Charaktere ihre paar Sätze sagen können. Wer die Verräter sind, ist aber letztendlich egal - das wird bei der Enttarnung kurz kommentiert und hinterher wird der jeweilige Charakter nicht weiter erwähnt. Die Handlung wird jedenfalls nichts beeinflusst, lediglich an einer Stelle kann es etwas schwerer werden, wenn man statt der Verräter jemand anderen aus der Gruppe "entsorgt" hat (allerdings sind wir da schon nicht mehr bei der Handlung).
Hast du Danganronpa gespielt? Da wurde das ja so richtig gut gemacht (wenn auch ohne das Zufallsprinzip) - hier ist es dagegen eher ein nettes Extra.