Ne da trügt dich leider deine Erinnerung ein wenig. Nur mal kurz vorweg, der Typ den man bekämpft heißt Agahnim, nicht Ganondorf. (sry für die klugscheißerei, aber ich kann da snicht so stehen lassen.)
Davon ab hat man nicht wirklich die Wahl einer Dungeon Reihenfolge. In A Link between Worlds schon eher doch bei A Link to the Past war es schon bei den ersten 3 Dungeons so gewesen das man wenigstens das Dungeon Item des vorherigen Dungeons brauch, um in den nächsten Dungeon zu kommen. (phew dieser Satz besitzt mehr "Dungeons" als ganz Breath of the Wild)
Dinge wie den Sandtempel konnte man erst machen, wenn man wirklich den Osttempel bewältigt hat, denn erst dann bekommt man die Geschwindigkeitsstiefel von Saharasla, damit man das Buch Mudora vom Bücherregal schubsen kann, was man essentiell benötigt um in den 2. Dungeon zu kommen und sowas hast du fast immer.
Ich glaube lediglich zwischen der Statue und den Skelettwald konnte man noch ein wenig alternieren aber ansonsten, nope es gab eine strikte Reihenfolge der Dungeons, die auf der Oberwelt sogar nummeriert war.