Aseprite kann ich auch empfehlen.
(@BDraw: Wenn ich mich recht entsinne kann man dort alle Tastenkürzel manuell anpassen. In der Hinsicht ist das Programm ziemlich gut.)
Ich hab mich dennoch damals für PyxelEdit entschieden, weil es etwas übersichtlicher gestaltet ist.
Ich komm damit zumindest besser zurecht, auch wenn Aseprite ein paar Funktionen mehr hat.
Wobei ich die bisher auch nicht wirklich vermisst hab.
PyxelEdit ist halt noch in der Beta-Version und wird regelmäßig geupdatet, läuft aber auch recht stabil.

Dann gibt es noch Piskel.
Vorteil hier ist, dass es auch eine reine Onlineversion gibt.
Ist zwar eher auf Animationen ausgelegt, aber einzelne Bilder können damit auch gemacht werden.
Da es kostenlos ist, ist es recht gut für den Einstieg.
Ich mag das Progrämmchen