Ich kenne mich da jetzt auch nicht so besonders gut aus, aber ein 4in6-Tunnel ist ja eine Technik, um IPv4-Datenpakete durch ein IPv6-Netzwerk zu schicken.
Im einzelnen hat man dann zwei Router bzw. Gateways, für den jeweiligen Anfangs- und Endknoten, die Dual Stack unterstützen. Der Anfangsknoten nimmt das IPv4-Paket an und packt es in ein IPv6-Paket und schickt es durch das Netzwerk zum Endknoten. Der packt es wieder aus und schickt es zum nächsten IPv4-Netzwerk. Allerdings finde ich kein Beispiel, wie so etwas konkret aufgebaut ist. Ich denke aber mal, dass der Endknoten des Tunnels ein NAT implementiert haben muss und sich dann als Quell-Adresse im IPv4-Header einträgt, damit das resultierende Datenpaket seinen Weg über den Tunnel zurückfindet. Eine private IPv4-Adresse könnte der Server ja nicht auflösen und würde daher auch keine Route finden. Daher mein Gedanke bezüglich dem NAT.

Ob man dies allerdings mit einem anderen DNS-Server realisieren kann, weiß ich nicht. Es sei denn, der ISP, für den du arbeitest, bietet einen Tunnel broker an, der ein 4in6-Tunnel aufbauen kann und das alle Datenpakete über den Tunnel broker geleitet werden. Ich selber kenne da nur spezielle Dienste, bei denen man sich vorher registrieren muss.