Hört sich an, als ob du immer das ganze Video bearbeiten willst und nicht viel Zeit damit verbringen willst. Ungewohnt für Leute, die sonst nur mit Premiere und co. hantieren, aber sehr mächtig ist Avisynth mit AvsPmod als grafische Oberfläche.
Video reinladen, durch gewünschten Filter jagen, nächstes Video.
Videos enkodieren würde ich mit einer zusätzlichen Software. Gerade keine Ahnung was man da so benutzt, ich verwende ffmpeg (kostenlos) und den Encoder aus der Creative Suite.