Das liegt daran, dass das (wie Tako auf seine Art schon sagte) eigentlich kein Vorteil ist. Normalerweise sollte man sich beim Pixeln auf so wenig Farben wie möglich beschränken. Der Maker kann 256 Farben darstellen, das heißt aber nicht, dass die alle im RTP verwendet werden oder man diese verwenden sollte. Ich habe lange nicht mehr am RTP rumgespielt, bezweifle aber, dass da auch nur ein Bild ist, was wirklich 256 Farben verwendet (die Panoramen etc. vllt. mal ausgenommen) - und wenn doch, dass es diese 256 Farben braucht.
Wenn du bestehende Bilder editierst ist es das beste, du benutzt den Color Picker/Eyedropper/Pipette (oder wie auch immer das im jeweiligen Programm heißt) und wählst damit die jeweilige Farbe von Hand aus. Bei allen hier vorgestellten Programmen kannst du dann diese Farbe in der Palette manuell speichern. ALLE Farben permanent griffbereit zu haben wird eher dazu führen, dass du "falsche" Farben verwendest (selbst wenn sie für das menschliche Auge u.U. identisch aussehen) bzw. dass du verleitet wirst, viel zu viele Abstufungen zu machen, wenn du selbst pixelst.
Anders sieht das aus, wenn du echt digital Bilder erstellst oder bearbeitest. Aber auch da kommt man normalerweise mit ein paar Grundfarben hin - viele benutzen da auch gar nicht die Palette sondern suchen sich die Farben direkt aus dem HSV-Regler raus (was aber wieder Theoriekenntnisse voraussetzt und hier gerade nicht ganz reinpasst).