Bei NieR wäre das Äquivalent zu Ende A/B ja auch der Cut for dem Zeitsprung gewesen. Dass Ende A und B unbefriedigend wirken liegt halt einfach auch daran, dass die Hälfte der Geschichte noch fehlt, hätte NieR in der Bibliothek aufgehört wärst du da auch etwas ratlos gewesen :P
Und was die Bad Ends angeht: Der Pod warnt dich vorher

(Gut, ist immer die Frage, ob das rechtzeitig ist - ich hatte auch mal so ein Tempo drauf dass es da schon zu spät und ich aus der Map war xD)
Was die Storyfragen angeht:
- YoRHa wurde von Androiden gegründet, ja. Da YoRHa in Generation 2 steckt (A2 war Gen1) und wir uns aber schon im 15. Krieg gegen die Maschinen befinden, kann man getrost davon ausgehen, dass auch schon einige andere Gruppierungen verfeuert wurden - halt ganz so, wie es jetzt mit YoRHa gemacht wurde. Die Menschheit war aber vermutlich schon beim 1. Krieg nicht mehr da. Ausgestorben sind die ja ca. 4200 n.Chr., ich weiß gerade nicht auswendig, wann die Aliens kamen. Die Maschinenkerne sind aber soweit ich weiß nur in YoRHa-Androiden eingebaut. Devola und Popola bspw. stammen ja auch noch aus einer Zeit, in der es die Maschinen gar nicht gab, also sind die Kerne für die "normalen" Androiden keine Voraussetzung.
- Emils Kampf eggen die Aliens wurde glaube ich vor 1-2 Jahren mal als Kurzgeschichte veröffentlicht. Kurzform: Emil hat schon laaange keine Menschen mehr gesehen und hütet jetzt Wild, das allerdings dann von den Aliens angegriffen wurde, als die frisch auf die Erde kamen. Daraufhin kamen Emils Klone, aber am Ende hat er wohl doch nicht ganz gewinnen können. Das ganze ging aber wohl kaum länger als vllt. 1-2 Stunden.
- Gegen wen die Aliens gekämpft haben ist einer der Knackpunkte der Geschichte: Die haben den Maschinen nur den Befehl gegeben "Defeat the Enemy". Sonderlich intelligent waren die Aliens ja selbst nicht, und letztlich sind sie wohl auch deshalb von den Maschinen besiegt worden. Wegen dieser Ungenenauigkeit hat das Netzwerk ja auch angefangen sich selbst zu sabottieren, um sich schön einen Gegner immer am leben zu halten. Daher kamen auch diese ganzen bizarren Erscheinungen wie der Kult, die Pazifisten, oder die erwähnten ausprobierten Staatsformen aus denen aber nicht gelernt wird.
Sowohl die Maschinen als auch die Androiden haben also eine reine Farce veranstaltet: Beide wollten eigentlich gar nicht gewinnen - bei den Androiden weil dann auffiele, dass die Menschen längst tot sind und ihre Existenz sinnlos ist, die Maschinen, weil das wiederum ihren Lebenssinn raubt - und beide wollten durchs Erschaffen und Überwinden immer neuer Konflikte möglichst menschlich werden, womit sie diesen "Sinn" nicht mehr gebraucht hätten. Dass die Aliens auch seit Jahrtausenden vermutlich tot sind verstärkt dieses bizarre Schauspiel noch mehr, das ist ja der Punkt dabei.
Ich rate dir echt, mal ins Archiv zu gucken, da sind noch sehr viele Hinweise die viel erklären.

Ist auch der Grund, warum ich dauernd so für die Nebenquests plädiere: Die verraten insgesamt doch sehr viel zur Hintergrundgeschichte bzw. sieht man sie oft im Nachhinein dann ganz anders. Beispiel #1 wären wie gesagt das desertierte Pärchen sowie die Quest in der Type E zum ersten Mal vorkommt und 2B doch sehr verhalten reagiert.
Btw, wenn du wissen willst, was es mit A2 auf sich hat, kannst du nachdem A2 mit Anemone wegen des Filterwechsels spricht sie einfach noch weiter anreden, dann wird eine Zusammenfassung des Pearl-Harbor-Angriffs freigeschaltet, bei dem A2 am Ende desertiert ist und wo auch Anemone herkommt.
Du musst übrigens - bis auf Beast Hide - gar nichts an Materialien farmen, soweit ich weiß. Nachdem du die Kapitelauswahl freigespielt hast kannst du alle Materialien einfach kaufen, entweder beim Halwit Inventor nach Abschluss seiner Quest (Meteorite/Meteorite Shard), bei dem Zombieclown im Vergnügungspark oder bei Emil, wenn du ihn vor dem Resistance Camp triffst. Nur die Materialien für die Pod-Upgrades muss man wirklich farmen.
Der richtige optionale Endboss setzt auch voraus, dass du die Weapon Stories auf 100% hast.