Die Story tritt zwar auch im zweiten Teil deutlich hinter das Gameplay zurück, aber die Rahmenerzählung ist ausführlicher mit der Machtübernahme der Aliens und der Marionetten-Weltregierung von ADVENT und die Missionen sind dann auch als Guerilla-Missionen motiviert, wo es dann auch einen gewissen Grund. Gegenstand, Person, Nachschub gibt, die für den Widerstand wirklich von Bedeutung sind. Und von der Hauptstory her, arbeiten die Aliens eben auch an einem eigenen Geheimprojekt, für das sie nach und nach Punkte ansammeln (sozusagen tatsächlich als Konkurrenz zu dir spielen, in dem sie auch BAsen bauen, um dieses Projekt zu beschleunigen) und die Stützpunkte ausschalten musst und nebenbei mit Vergeltungsmissionen umgehen musst. Wie gesagt die Story ist immer noch eher die zweite Geige, aber es wird zumindest nachvollziehbarer erklärt, was man warum macht und hat mit dem ADVENT-Regime-Gegner auch etwas mehr Dynamik in der Spielwelt selbst.