Zur Taktrate weiß ich nichts, habe nur PCIe 2 und das reicht mir bisher. Falls die dich interessiert...
Das 550er Netzteil klingt auf jeden Fall schonmal besser.
Die Casefan "hinten" hat halt eigentlich den Sinn, dass sie die Wärme von der CPU nach außen ventilieren soll (deswegen ist die auf der gleichen Höhe wie die CPU auf dem Mainboard), die Wärme der Grafikkarte (die weiter unten hockt) wird wohl kaum mitgenommen. Ich hab den Platz einfach frei gelassen. Und paß auch auf, wie rum du den Lüfter einbaust.
Ich kann auch mal ein Foto meines offenen Gehäuschens machen, vielleicht verstehst du es so noch ein wenig mehr?