Wie du schon richtig erkannt hast:
Wenn die Map gespeichert wurde, erkennt das Spiel bei einem geladenen Spielstand, dass sie nicht
mit dem übereinstimmt, was beim Speichern noch aktuell gewesen ist und sie wird wieder neugeladen.

Dementsprechend startet alles auf ihr wieder von vorne, was beim Speichern unterbrochen wurde.
Kommt allerdings von einem Savecounter in der Map und nicht vom Änderungsdatum der Dateien,
das wird nur benutzt, um herauszufinden, welcher Save beim Öffnen vor-ausgewählt sein soll.