Ne umgebaute Ps2 sollte doch nicht mehr Probleme damit haben, als mit jedem anderen ps2 Spiel. Vielleicht solltest du es aufm Emu ausprobieren um zu sehen, ob das Spiel einfach "fehlerhaft" ist.
Das einzige, was ich mir vorstellen könnte, ist, dass deine Ps2 keine dvd-9er mag. Aber afaik war ff12 ne ganz normale Dvd. Nur sowas wie Xenosaga 1 oder Wild Arms AC:F war bekannt dafür auf umgebauten Konsolen nicht zu funktionieren. (also US Importe)