Vielen Dank für deine Tipps. Immerhin hast du mich jetzt so auf die Lösung des Problems gebracht^^

Ich habe jetzt erstmal von meinem Projekt eine Game-Disk erstellt. So hat der Maker wenigstens alle Dateien, die wirklich auch in dem Ordner sein sollten, mit eingebunden.
Danach brauchte ich nur noch den 2k3 über die Kompatibilät mit "Als Administrator ausführen" kennzeichnen, damit der Maker nun immer als Admin gestartet wird. Jetzt wieder den Spieleordner zurück in das Standardverzeichnis verschoben und siehe da, alle Änderungen beibehalten (Gott sei dank!) und von nun an werden auch wirklich alle Grafiken sofort in den entsprechenden Ordner kopiert, wenn man sie über den Ressourcen-Manager importiert und kann diese auch aus dem Spieleordner löschen