Dito. Ein Spiel wie Deus Ex schreit geradezu nach einem Objective-based XP System, also einem System, bei dem man für das Erreichen bestimmter Checkpoints in einer Mission XP erhält, unabhängig von dem eingeschlagenen Weg.
Idealerweise würde sich das ganze dann wie Dishonored spielen, wo sowohl Stealth als auch Action einfach purer Spielspaß sind. <3

Zur Deus Ex HR Story: Ich glaube, die war nicht wegen der Verschwörung schwer nachzuvollziehen, sondern weil sie wirklich erst ganz, ganz am Ende zusammenkam. Vorher hast du ja quasi immer nur Meinungen gehört, die ganze Story hast du erst im Rückblick verstehen können. Jeder Bösewicht hatte immer auch seine guten Beweggründe und alles war so in den Grauzonen gefangen, dass man irgendwie nicht sonderlich involviert war.
Der emotional stärkste Handlungsstrang war ja der persönliche. All das Unrecht, das Jensen angetan wurde von Leuten, denen er vertraut hat - aber hier war er als Charakter etwas zu stoisch, als dass diese Handlung im Vordergrund hätte stehen können. Alle anderen Handlungsstränge ließen sich zusammenfassen zu "Arschlöcher wollen aus guten Gründen die Welt verändern, und du darfst entscheiden welches Arschloch gewinnt". (Sarif ausgenommen, der Kerl ist dufte.) Man war nicht involviert und deswegen war es einem ein bisschen egal.

Dasselbe Problem hatte ich übrigens bei The Witcher 2. Keine Ahnung worum es da ging, ich weiß nur noch dass Triss weg war und dass ich in einem Krieg war, zu dem ich keine Meinung hatte. ^^