Checkdisk kann keine Platte reparieren, die gerade in Benutzung ist, deshalb wirst du neustarten müssen.
Um ihm aber zu sagen, dass die Platte repariert werden muss, gehst du auf Start -> Programme suchen -> cmd und tippst da dann als Administrator
chkdsk C: /F
ein. Danach fragt er dich, ob du die Korrektur beim nächsten Neustart durchführen lassen willst. Bestätige mit j und starte den Rechner neu.