Ich hab mir mal die Sachen durchgelesen. Im großen und ganzen hört sich das ok an, aber bei einen Punkt sehe ich Diskussionsbedarf:
Du möchtest sämtliche Makerdateien als Klartext speichern, mit der Begründung, dass es plattformunabhängig ist. Das ist aber als Grund nicht zutreffend, da auch Textdateien plattformabhängig sind (Zeilenumbrüche werden wahlweise mit \n,\r oder einer Kombination aus beiden signalisiert). Auf der anderen Seite können auch Binärdaten auf verschiedenen Platformen genutzt werden, solange man das Programm hat, welches diese interpretieren kann.
In dem Zusammenhang wäre es auch sinnvoll zu überlegen, ob man nicht xml für die Datenstruktur benutzen sollte, wenn man unbedingt Klartextdateien benutzen möchte. XML ist standardisiert und relativ schnell erlernbar. Das Problem bei einer eigenen Datenstruktur ist der Designaufwand und die Tatsache, dass sich wirklich jeder diese Struktur selbst beibrigen muss (bzw. du dafür extra lange Dokumentationen erstellen musst). Bei XML können sich zumindest Leute mit Programmiererfahrung schnell darin einfinden.