Gerade mal kurz nach dem Script geschaut, füge einfach folgende Bedingung ein (rot markiert):
Code: 
class Window_Message < Window_Base
      include Text_Sound_Effect
      #--------------------------------------------------------------------------
      # alias method: process_characer
      #--------------------------------------------------------------------------
      alias textsound_process_character_normal process_character
      def process_character(c, text, pos)
        if !MESSAGE_SOUND_DISABLE or !$game_switches[MESSAGE_SOUND_DISABLE] and
          !["\e","\n","\f"].include?(c)
Damit sollten die unsichtbaren Zeichen keine Sounds mehr erzeugen. Sollte es noch mehr ungewünschte Zeichen geben (bspw. die Leerstelle, kannst du die auch noch in die Bedingung mit aufnehmen). Das ist nur ein Beispiel, wie du es lösen könntest.