Zum Zurücksetzen der Self-Switches sollte ein einfaches
Code: 
$game_self_switches = Game_SelfSwitches.new
genügen.
Ansonsten am Ende, wenn du wirklich ALLES zurücksetzen möchtest, alle diese befehle nacheinander aufrufen:
Code: 
$game_temp          = Game_Temp.new
    $game_system        = Game_System.new
    $game_switches      = Game_Switches.new
    $game_variables     = Game_Variables.new
    $game_self_switches = Game_SelfSwitches.new
    $game_screen        = Game_Screen.new
    $game_actors        = Game_Actors.new
    $game_party         = Game_Party.new
    $game_troop         = Game_Troop.new
    $game_map           = Game_Map.new      #Musste ausprobieren, ob du danach noch manuell was machen kannst 
    $game_player        = Game_Player.new
$game_party.setup_starting_members
Habs jetzt nicht ausprobiert, aber so setze ich zumindest variablen und switches zurück. Wie gesagt, beim letzten musst du sehen was sich wie auswirkt, das hab ich nun nicht getestet.
Und ich hab eigentlich keine ahnung was "New Game Plus" eigentlich ist, ich les hier nur von Zeugs zurücksetzen ^^"