Der Witz von Mindmaps ist doch gerade,dass es nur 2d und dadurch leicht zu verstehen ist.Wenn es so nicht klappt und voll wird,musst du die Probleme/Ideen schärfer Kategoriesieren und für jede Kategorie eine Mindmap machen.

Wenn du es aber unbedingt auf 3d Anlegst,dann nimm dir ein 3dProgramm wie 3d Max oder eben eine kostenlose Variante wie Blender und mache Kugel oder Kisten die du beschriftest und schiebe die umher und verbinde sie dann durch geraden und mach dann ein Rendering in einer beliebigen Perspektive.