Der Wechsel zur Steins;Gate Zeitlinie erfolgt erst nachdem Okabe nochmal die Ereignisse in der Alpha-Zeitlinie verhindert hat. Dabei ist es ja vollkommen egal ob sich die Ereignisse nochmal genauso wiederholen wie man sie bereits gesehen hat oder vollkommen anders. Okabe wird so lange die Zeit manipulieren bis er wieder in der Beta-Zeitlinie landet, nur das Kurisu diesmal am Leben ist während ihre Theorie dank des Metal-Upa vernichtet wurde. Und es ist vollkommen egal das SERN immer noch eine Zeitmaschine hat die sie eben, wie du bereits gesagt hasst, Leute in Wackelpudding verwandelt

Das Kommitee der 300 hat das dann vermutlich irgendwann fallengelassen um was neues zu probieren, wie man z.B. in Robotics;Notes sieht
Und wenn man nach dem Wiki geht arbeit Mr.Braun z.B. in der Steins;Gate Zeitlinie nicht für SERN und somit gibs da auch keine Probleme.