Liegt das Projekt in einem Verzeichnis, dass nur von einem Administrator geändert werden kann? Zum Beispiel im Programmordner.
In dem Fall lenkt Windows ab Vista aus kompatiblitätsgründen Daten in den "VirtualStore" um (früher haben viele Programme direkt ins Programmverzeihnis anstatt ins Benutzerverzeichnis geschrieben, wodurch die Programme nicht emhr funktionieren würde, daher wird das umgelenkt in nen Ordner der vom Nutzer schreibbar ist).
Und die Umlenkung ist halt nur an, wenn du kein Admin bist, daher gibt es dann zwei Versionen der Dateien je nach Berechtigung

Den VirtualStore findet man unter "CUsers\<dein name>\AppData\Local\VirtualStore".
Wenn dein Projekt auf D: liegt ist der VirtualStore unter DVirtualStore\<id deines profils> (id ist nen kryptischer text).
Da müsste dann irgendwo nen PFad zu deinem Projekt drin sein. (AppData bzw. VirtualStore sind versteckte Ordner, musst die also vorher sichtbar machen, bei Win8 geht das direkt irgendwo in der Leiste oben im Explorer)

(Kann man irgendwie diese Autoersetzung von ": \" durch deaktivieren?)