Die traditionelle Amnesiegeschichte geht ja viel drum, dass der Spieler analog zum Helden seinen Ursprung sucht.
Was du hier vorschlägst bricht mit einer wesentliche Sache des Amnesiekonzepts, das ist für den typischen Amnesieplot blöd, aber wenn du es anders angehst kann es auch frischer und interessanter sein. Der Knackpunkt sind deine zwei Erzfeinde, die nach der Amnesie plötzlich Freunde werden und einen Spieler, der immerzu weiss, was da gerade im Hintergrund abgeht, und nur hoffen kann, dass die beiden noch die Kurve kriegen. Als Spieler wissen was ist muss nicht immer falsch sein. Im Reich des Himmelsdrachens zeigt glasklar wie der Konflikt der Brüder zu Stande kommt, als Spieler hat man dann zwar kein "warum" mehr, aber man kann sehen, wie die Protagonisten, die das Wissen nicht haben in ihre Irrtümer und Konflikte laufen. Filme & Serien wechseln auch oft zwischen Perspektiven und erzeugen dadurch Spannung, warum also nicht?
Was nicht klappt:
In der klassischen Amnesie sind Spielerentscheidungen reizvoll, weil der Spieler wie auch der Protagonist rätselt. Die Frage "Soll ich X vertrauen?" ist reizvoll, verliert aber allen Reiz wenn man weiss, dass er ein Verräter ist. Mit einer Erzählweise, die weniger "ich Spieler, ich enthülle" sondern "ich erlebe wie Protagonisten enthüllen" ist, ergibt sich also anderes Gameplay, dass damit besser oder schlechter zusammenwirkt. Wenn du vorhast deine Handlung typisch jRPG-cineastisch rüberzubringen, also wenig Spielerentscheidung, mehr erleben, dann sollte das kein Problem sein.