Du kannst für jeden Download den Speicherort explizit angeben, falls dieser den Standardpfad von den Einstellungen nicht übernimmt. Rechtsklick auf das Paket, dort müsste dann die entsprechende Funktion zu finden sein. Oder du löscht alle Downloadlinks bzw. das Paket und fügst sie nochmal zum JDownloader hinzu, dann dürfte er für das neue Paket den neuen Speicherpfad verwenden.