Hast du die Auflösung auf 640x480 umgestellt? Das kannst du nämlich im RPG-Maker VX machen. Standardmäßig ist sie etwas niedriger.
Falls du sie umgestellt hast und das Problem daher kommt könnte es höchst wahrscheinlich an den Viewports liegen.
Im Scripteditor findest du ein Script, welches ungefähr den Namen "Scene_Title" haben sollte.
Hier wird der Titelbildschirm geregelt.
Ich habe leider jetzt in diesem Moment keinen VX zur Hand um dir genaue Zeilenangaben geben zu können, aber an irgendeiner Stelle muss dort ein Viewport erstellt werden. Such einfach mal nach dem Schlüsselwort im Script.

Irgendwo sollte eine Zeile sein die ca. so aussieht:
Code: 
@viewport = new Viewport(0, 0, 566, 416)
Oder ähnlich.
Versuch einmal die Zahlen in den runden Klammern so abzuändern, dass sie (0, 0, 640, 480) zeigen.

Teste dann das Projekt erneut.