Du kannst das Auto-Update auch umgehen, indem du die IP-Adresse des Skype Update-Servers blockierst:
Entweder über ne Firewall bei ausgehenden Verbindungen die IP Adresse sperrst oder vielleicht reicht schon die host-Datei (C: \Windows\System32\drivers\etc\hosts) von Windows aus.
Trag mal folgendes in die host-Datei (Notepad mit Adminrechte starten und dann die host-Datei damit öffnen) ein:
127.0.0.1 204.9.163.158