Ich würd dir einfach mal raten erstmal alle Whiterun Mods auszuschalten, und das ganze dann nochmal zu versuchen. Wäre zumindest das naheliegendste. Wenn es nämlich dann funktioniert, hast du automatisch die Liste der möglichen Problemquellen drastisch reduziert.

Sofern keiner hier zufällig zwei Mods erkennt, die nicht miteinander harmonisieren, fällt mir auch keine andere Möglichkeit ein, als langwierig auszuprobieren, welche Mods miteinander funktionieren, und welche nicht. Besonders hilfreich ist da auch meistens in die Beschreibungen der Mods auf Skyrimnexus zu schauen, da dort meistens steht, welche Mods nicht mit anderen funktionieren. Vielleicht hast du dort ja was übersehen.