Habe mal die EInstellungen zurückgesetzt und bisschen rumgespielt. Keine Änderung.
Wenn ich die Auflösung in deiner config-Datei ändere, bleibt das Rechteck genau so groß wie bei 640x480 (und weiterhin in der Ecke).
Die Anzeigedauer des Rechtecks wird nicht durch die FPS beeinflusst, ist immer etwa gleichlang. Mit Vsync aus und 640x480 habe ich 1991 FPS.

Kurios: Der Vollbildmodus funktioniert nicht. Bei dem Rechner mit Ati-Karte (Das Rechteck ist komplett weg) hat Windows in Vollbild umgeschalten. Hier wird einfach das Fenster auf die Monitorauflösung gestreckt und der Ati-Fehler (Schwarz mit Grauem Rechteck unten rechts) kommt zum Vorschein :/