1. Der ACE besitzt nach wie vor einen Upper Layer ... nämlich die Tiles B, C, D und E. Das einzige, was sinnfreier Weise fehlt, ist die möglichkeit, den Lower layer getrennt vom Upper Layer zu bearbeiten, sobald ein Upper-Layer-Tile platziert ist. Allerdings kann man sich daran auch ziemlich fix gewöhnen, wenn man es denn versucht.
2. Die Lösung durch Parallax Mapping funktioniert und ist sogar ziemlich kompfortabel, wenn man ein wenig erfahrung im Umgang mit GIMP und Co. hat (was beim makern eh der Fall sein sollte). Also erscheint es wenig sinnvoll eine Alternative dazu zu suchen, die schlechter funktioniert und unter umständen noch aufwändiger ist. Das einzige was du versuchen könntest, ist jedes einzelne Autotile Stück für Stück umzupixeln, bis es etwas runder ist als bisher. Ob das Ergebniss den Aufwand rechtfertigt, bleibt dabei abzuwarten. Für klippen kannst du darüberhinaus z.B. auch die Klippen vom XP-RTP nehmen, das funktioniert auch sehr gut und sieht ordentlich aus.