Hallo,
ich will auch mal versuchen zu helfen

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Ich habe meine Hauptapplikation,
die wird mit der Konstruktorklasse geöffnet etc.
Gleich beim Start kommt aber ein weiteres Fenster, wo man ein paar Parameter eingeben kann.
Dieses weitere Fenster ist also in der Hauptklasse erzeugt worden.

Wie hole ich nun die in Fenster 2 eingegeben Parameter in Klasse 1?
Ich bin mir sicher, ob ich den Aufbau deines Projekts ganz verstanden hab, aber du willst doch einen Parameter deiner Konstruktorklasse mitgeben, oder? Das machst du wie bei allen Methoden etc.
Code: 
public Konstruktorname (parameter) {}
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Wie füge ich jetzt jedem einzelnen Menüpunkt X und Y Koordinaten mittels Array hinzu...
Siehe makenshis Antwort. Vielleicht hilft dir auch das hier weiter: http://docs.oracle.com/javase/tutori...ut/visual.html
Layouts können imho sehr sinnvoll sein, wenn man einfache Menüs bauen will.