Ich würde auch nie ein verlustbehaftetes Format für die Nachbearbeitung verwenden. Schon mal diese nicht nur aus I-Frames bestehen, sondern auch aus P- und B-Frames und diese Frames sind fürs bearbeiten recht tötlich, da diese Frames wiederrum andere Frames benötigen, um berechnet zu werden. Bei vielem hin- und herspulen, wie es bei Videobearbeitung nötig ist, kann dies dann sehr lange dauern.
Unter Windows verwende ich als Codec Lagarith. Es hat den Vorteil, dass es eben verlustlos ist und nur aus I-Frames (= Key-Frames) besteht, was die Sache beschleunigt. Der Nachteil ist aber, dass die Dateien recht groß werden, aber Speicherplatz darf bei Videobearbeitung eh keine Rolle spielen.