Grundsätzlich würde ich für Videoschnitt nicht mit einem Codec ala H264, DVCPRO oder AVCHD arbeiten. Außer du hast eine Monstermaschine unterm Schreibtisch stehen.
Arbeitest du auf Mac (und hast die Pro Tools installiert) ist Apple ProRes 422 HQ imho das Beste was du machen kannst. ProRes unterstützt, so viel ich weiß, auch 1080p50.
Unter Windows gibt es ein zahlreiches Angebot an (kostenlosen) lossless Codecs z.B. Lagarith oder Huffyuv, die relativ wenig CPU Last beim Encoding erzeugen. Nachteil dabei: die Footage-Dateien werden etwas größer und du hast maximal 8bit. Arbeitest du von einer normalen internen Platte, reicht der Datendurchsatz aber locker aus um einigermaßen gut schneiden zu können.
Ansonsten gibt es noch einige "sichtbar verlustfreie" Codecs, die sich gut für die Post eignen, wie z.B. DNxHD von Avid (unterstützt aber leider kein 1080p50) oder auch der Cineform Codec, der aber wiederum Geld kostet.
In meinem Workflow benutze ich hauptsächlich den Lagarith-Codec & ProRes bzw. wenns professioneller wird: sowieso RAW.