Du siehst die Klasse nicht im Script-Editor weil es eine Klasse des RGSS ist, also der Bibliothek dahinter.
Du kannst dir die Dokumentation der Klasse in der Hilfe-Datei durchlesen.

Und um dem Timer ein Window zu geben müsstest du die Klasse "Sprite_Timer" verändern.

Das ist zwar nicht getestet, aber falls du die Standard-Timer-Sprite-Klasse umschreiben würdest, dass sie ungefähr so wie folgt aussieht sollte es prinzipiell funktionieren:
Code: 
class Sprite_Timer < Window
  #--------------------------------------------------------------------------
  # * Object Initialization
  #--------------------------------------------------------------------------
  def initialize
    super
    self.width = 88 + 32
    self.height = 48 + 32
    self.x = 640 - self.width
    self.y = 0
    self.z = 500
    self.contents = Bitmap.new(self.width - 32, self.height - 32)
    self.contents.font.name = "Arial"
    self.contents.font.size = 32
    self.update
  end
  #--------------------------------------------------------------------------
  # * Dispose
  #--------------------------------------------------------------------------
  def dispose
    if self.contents != nil
      self.contents.dispose
    end
    super
  end
  #--------------------------------------------------------------------------
  # * Frame Update
  #--------------------------------------------------------------------------
  def update
    super
    # Set timer to visible if working
    self.visible = $game_system.timer_working
    # If timer needs to be redrawn
    if $game_system.timer / Graphics.frame_rate != @total_sec
      # Clear window contents
      self.contents.clear
      # Calculate total number of seconds
      @total_sec = $game_system.timer / Graphics.frame_rate
      # Make a string for displaying the timer
      min = @total_sec / 60
      sec = @total_sec % 60
      text = sprintf("%02d:%02d", min, sec)
      # Draw timer
      self.contents.font.color.set(255, 255, 255)
      self.contents.draw_text(self.contents.rect, text, 1)
    end
  end
end
Es könnte sein, dass noch vereinzelnte Probleme auftauchen, aber so ungefähr sollte das Endergebnis aussehen.