Finde ich nicht. Das ist auch nicht anders als z.B. Zustands und Elementresistenzen, entweder man machts so, dass man es mit ein paar, aber nicht unnötig umfassenden, Gedanken hinkriegt oder es wird zum Lotto, der Rest ist 'ne Sache wie man das System rüberbringt, vermittelt, visualisiert. Undurchsichtigkeit sehe ich hier als Resultat einer Umsetzung nicht als Eigenschaft des Prinzips.
Du magst Ränge haben, aber dein System entspricht nicht dem "normalen" Zauberrangsystem, du kannst denen ja genau so gut verschiedene Namen geben, der Rang sagt ja aus, dass Rang N+1 eben Rang N praktisch ersetzt, was bei dir nicht der Fall ist, da eher eine Koexistenz mit unterschiedlichen Rollen der Fall ist.
Der Sinn von Cooldowns ist einzuschränken, die Entkopplung, wenn so umgesetzt, von der Hauptressource hat ja auch seine Vorteile. Abklingzeiten sind eine andere Art Zeit zu verwenden und zeitliche Planung vom Spieler zu fordern.
"Probleme" klingt so negativ. Jede Mechanik hat ihre Eigenschaften und man muss eine Kombination finden, in der die Mechaniken im Sinne des gewünschten Spielprinzips funktionieren. Ressourcen & Abklingzeiten gemeinsam ~ geht ja genau so gut.
Die "rechnerisch optimierte Skillrotation" gibt es immer. Auch in deinem System wird es ein "Handlungsmuster" geben, dass maximal Schaden/Zeit oder min. genomm. Schaden im jeweiligen Moment entspricht. Ich wähle "Handlungsmuster" statt "Rotation" weil letzteres eine zyklisch wiederholende Abfolge andeutet, Prioritäten sind aber praktisch nix anderes und Ressorcenabhängigkeit ändert daran überhaupt nichts. "Optimierte Skillrotationen pro Charakter" sind in Partys aus Hybridklassen allerdings nahezu irrelevant.
Der Spieler wird je nach Gegner anders handeln, weil Gegner jeweils anders handeln. Skillmuster anwenden klingt stupide, aber Skillmuster bestmöglich halten trotz Interaktion mit Feinden ist eine ganz andere Nummer. jRPGs haben selten Tank,Heiler+DDs, so dass einige Charaktere sich "blind" auf ihre Rolle konzentrieren können, Damage-Tunnelblick und so.~ , oft sinds Hybridklassen, die je nach Situation zwischen Offensive und Defensive, heilung und Utility wechseln müssen, und zudem hat der Spieler seinerseits mehr als die Belastung einer "Damagerotation" sondern muss sich ja um jeden Aspekt des Kampfes kümmern. Ich verstehe den Widerwillen da das Gameplay einer Damageklasse in WoW replizieren zu wollen 11231123*repeatforever*, allerdings ist dieser Aspekt nicht aus Rolle eines einzelnen Helden zu sehen, sondern aus der des Spieler, der alle Helden kontrolliert.